朱标有两个后妃。第一个是常遇春的长女常美荣。洪武四年时，她被朱元璋亲自封为朱标王妃。当时朱标16岁，常美荣17岁。三年后，常美为朱标生下了皇长子朱雄英和皇三子朱允通。但遗憾的是，常美在生朱允通时，因难产而去世。至于皇长子朱雄英，洪武十五年也因病去世。常美去世后，朱标立了太常寺卿吕本的女儿吕氏为太子妃，她为朱标生下了三个儿子：建文帝朱允炆、衡王朱允许、徐王朱允熙。此外，朱彪还有江都郡主、宜伦郡主、宜伦郡主三个女儿，但这三个女儿的母亲是谁还不得而知。当靖难战役爆发时，朱标共留下了一个妻子、四个儿子和三个女儿。首先，让我们来看看朱彪的妻子吕氏。朱棣攻占南京金川门后，朱棣邀请她到军营。当时，朱棣还特别告诉她为什么她不得不起兵。当然，这只是给明朝臣民看的。
后来，吕氏在回宫的路上，宫中突然起火，建文帝朱允炆不知所措，吕氏后来和三儿子朱允熙住在懿文陵。永乐元年，朱棣下令废除吕氏太后之位，改名为易文太子妃，事迹不明，死于永乐十年左右。至于朱标的二儿子朱允炆，也就是建文帝，他在朱棣破城之日就失踪了，从此下落不明。有人说朱允炆在皇宫起火的时候，趁机逃到地道里，然后逃到南洋；也有人说他逃出皇宫后出家为僧；还有人说他死于大火。但无论如何，朱允炆的下落已经成为历史上的一大悬案。朱标的三儿子朱允通，最初被建文帝封为吴王，但他还没来得及就藩，靖难之战就爆发了。朱棣进入南京城后，下诏将他从吴王降封为广泽郡王。但不到一个月，朱迪就把侄子召回了明朝的首都，然后把侄子贬为普通人，在凤阳软禁。15年后，他突然死亡，享年39岁。
朱标的四个儿子朱云与朱云通的经历相似。起初，他也被建文帝称为衡王。结果，他没有时间就成为了附庸。后来，朱迪将成为怀恩郡王，住在江西建昌。后来，不到一个月，朱迪莫名其妙地召回了都城，然后被紧固在凤阳，和三哥一起为了小妾，15年后死亡。朱标的第五个儿子朱允熙最初被建文帝封为徐王。后来，朱迪进入南京后，将其降为傅惠君王，并与母亲吕氏住在朱标的陵墓里，守卫朱标的陵墓。两年后，朱棣将其改封为瓯宁王，并下诏将其作为不遣之国世奉王子朱标祭。如果只是这样的话，朱允熙的生活也算是安详的，毕竟至少是个王，还有自己的封地。不幸的是，两年后，他的大厦突然发生了一场大火，朱允熙也因这场大火失去了生命，享年16岁。另有一件事不得不提，那就是建文帝也有两个儿子，分别是简太子朱文奎和润怀王朱文圭。
朱文奎在南京的大火中和朱云文一起消失了，朱文圭在靖难之战后被囚禁在凤阳，那一年他只有两岁。明英宗夺门之变复辟后，他同情朱文圭，于是下令放他出去，为他张罗婚姻大事。此时，朱文奎已被囚禁近50年，释放后什么都不懂，连牛马等都不懂得分辩，所以很快就去世了。至于朱彪的三个女儿，除了长女江都郡主在永乐初年因丈夫被朱迪处死而愤怒地去世外，其他两分别在永乐十五年和永乐十年去世，死因不明。