嘉靖39年(1560年)初，戚继光被复职(此前在岑港之战中，他为胡宗宪的直系人当替罪羊，被辞退)，任台州、金华、严州将军。此时，新成立的戚家军只成立了半年。由于军中逃亡成风，台州原辖军卫2卫6所，此时卫所军的数量，至少只剩下可怜巴巴的20%。要兵无兵，要船无船。卫所军成了这个败家，日寇来了怎么打仗？戚继光一方面不放松戚家军的训练；另一方面，在胡宗宪的支持下，大力整顿所辖卫所，训练水师。经过一年的时间，卫生部队的士兵恢复到80%以上，新建了40多艘战舰，水手的力量也得到了加强（因此，明朝最害怕的是很少有人做实事，认真做实事，怎么会失败）。幸运的是，今年没有大战，日本海盗也没有大规模入侵；否则，戚继光真的要分手了。然而，侵略性的日本海盗在哪里能学好呢？果然，它又来了，这次入侵的规模更可怕了。
40年(1561年)4月，日寇连舰2万人数百人，大规模入侵浙江沿海。本来想直接捣乱台州，因为戚继光亲带领水手在海上巡逻，所以日本海盗改变了部署。19日，他派人到奉化登陆，当晚跳进台州治下的宁海劫掠。戚继光亲率军奔赴宁海。日本海盗非常狡猾。如果你不在乎宁海，我会继续在这里杀人放火；但是如果你带领台州的军队增援，台州的防守力量就会减弱，从而大规模攻击台州。但戚继光还是来了，戚家军于22日抵达宁海 早就想见面较量的日本海盗，成军后打了第一仗。
经过严格训练的齐家军士兵开始列出鸳鸯阵。在习惯于在中国东南沿海猖獗的日本海盗眼中，明朝军队是脆弱的新手。只要他们冲锋杀人，他们很快就会转动屁股逃跑。我们的武士道和战刀是最棒的；看看你的阵列，他妈的稀疏一点也不严格。这是从哪里找到的一群废物，不是等着我们砍吗？于是大举向鸳鸯猛扑。结果一开始就发现过去的一套根本不好用。
对面的团队不仅没有逃跑的意义；相反，在盾牌的掩护下，杀戮的声音震惊了天空，手里有一堆我从未见过的奇怪的东西。特别是那个带尖头和钩子的长东西太不道德了（狼）。刀不断地砍它，经常遮住你的视线。看不到这个东西后面的人。在等待对方之前，他们被划伤了；毁容是轻微的。他们中的大多数人被这个不道德的东西钩住，然后长矛立即来刺伤自己。打了半天。我身边的人一个个往下倒。这场战斗真是窝囊透！于是日寇扔下一堆死尸，转身逃跑！戚家军首战宁海，战败猖狂的日寇，战果是：日寇，死伤2000；齐家军，阵亡数0。此时，海上的日本海盗已登陆台州沿海多路。戚继光是一位著名的将军，并没有被第一次世界大战的胜利冲昏头脑；相反，凭借出色的军事素质和不断收到的信息，他正确判断了日本海盗的计划：引诱明军分散军队，打破每一次。更大的战争还在后面。因此，戚继光果断派出总胡守仁、楼楠迅速援助战略要地新河。这时，成千上万的日寇已经直奔新河。
当时，戚继光的妻子王氏在新河，城中因精壮大部分出征，兵力空虚。王果断命令打开武库，组织妇女穿盔甲上城御敌。26日上午，日本海盗突然在新河城下遭到胡和楼援军的攻击，并措手不及。这里的日本海盗也是第一次遇到一个敢于战斗的敌人，被两边攻击，杀死了个人；但占据了鲍的院子，因为石门坚固，房子高，齐用火枪射击，杀死了数百名日本海盗；剩下的残疾敌人在晚上逃跑了。还没打够，你说跑就跑！戚家军奋起直追，第二天，在温岭追上敌人，再次斩首80多级，日寇残部乘大雾逃脱。新河战果：日寇，死伤280余人；齐家军，三人阵亡。
在新河之战中，戚继光从其他几个日本海盗的动向来看，并非所有日本海盗的主力都出现了，而他们的真正目标将是台州府。遂亲率主力回援台州。但是进军途中出现了一个问题:军粮不够！援宁海，只带了三天粮；到27日是第五天；距台州，还有70英里。戚继光亲自激励士气，动员战斗，全军空腹跑步行军；中午赶到台州东南花街，与日本海盗相遇。这时戚家军已经很累了，还饿着肚子，但戚继光激励士兵“灭贼后会吃”，全军随后列阵向日寇猛攻。这里的日寇，也是从未见过士气如此高昂，战斗凶猛的明军(其实还不是正规军)，兵器怪异，阵型怪异，被打得七零八落。过去，狡猾凶猛的日本海盗习惯了自己的一套奇怪的把戏：第一批披着头发、武术高强的战士，额头戴着镜子扰乱明军的视线，跳舞，挥舞日本刀，心理恐吓明军；或者在女人面前，舞蹈表演，分散明军的注意力；后面的头用折叠扇指挥，随着风扇的开合跳跃挥舞武器，大喊大叫，利用明军不知所以，怀疑，突然向前挥舞风扇，于是日本海盗向前猛扑，明军卫所军本已战斗力腐朽，战斗精神颓废；所以经常一触即溃。但这一次，算他们倒霉，对手是戚继光和一群凶猛敢战的义乌兵，这套怪招不好用。但这一次，他们运气不好。他们的对手是戚继光和一群凶猛勇敢的义乌士兵。这套奇怪的动作很难使用。戚家军随着命令勇往直前。你喜欢得瑟。我上来杀了他！杀！杀！看到这一点，我真敢玩命遇见不要命，跑吧！日寇分两路逃跑。戚继光命令官兵分两条路，继续追打，两个残敌终于全歼。
战斗胜利结束时，午餐刚刚准备好。戚家军在戚继光的带领下，饿着肚子跑了几十英里，立即投入战斗。他还打了多少年罕见的歼灭战。这场战斗真是骄傲！齐家军威武！花街之战成果:日本海盗:被斩首380多级；另外，被赶到海里溺死的人没有计算。虽然他们没有留下头，但他们也见到了地狱之王，伤亡约1000人。一路上，日本海盗几乎全军覆没；两个日本海盗头目被俘。戚家军：三人阵亡。救出5000多人被绑架；缴获650件各种武器。还有其他路的日本海盗，战争还没有结束。之后，上峰岭之战再次爆发。另一路登陆的2000多名日本海盗，见台州府不能轻拿，便退兵以另寻进攻目标。戚继光根据情报判断，日寇将进入仙居，处州；这样的上峰岭是必经之路；然后大胆决定在上峰岭设伏。此时，戚继光只有1300名士兵，因为许多士兵用于驻军，所以他们以寡击众。戚继光就是戚继光。我现在训练的军队和龙山之战这样的废油头军队完全不一样。我就是敢打！战前，这位名将与监军赵大河作战前动员，颁布了三条严格纪律：
1.以战胜计功而不是个人缴纳一级计功。明军计功的唯一标准是支付第一级；因此，在过去，明军经常在战斗中杀死敌人，争夺头部，甚至内斗。在战斗结束之前，他们的阵型和队形先混乱，而敌人则趁机反击，这往往导致明军先胜后败。戚继光严格要求士兵们在战场上继续前进，没有人能割首级，后面的收容队负责收首级。总数发生后，根据战斗分工任务和实战表现分配给基层队伍；团队将再次分配给个人。例如，负责冲锋和阻挡任务的团队很难获得第一级，但他们在战争中牺牲了最多的努力。按照个人支付第一级的方式显然是不科学和不公平的。因此，战后统一分工给予奖励。(几十年后，在朝鲜，杨镐和麻贵以4万明军进攻清正义雄2万日军，但他们以反胜为败。主要原因是杨镐命令明军停止进攻，争夺第一名。)
2.禁止在战场上抢夺战利品。防止日本海盗在战场上扔金银财产，明军争夺时突然反击；所有战利品由收容队收集，战后奖励军队成功人士。
3.不要杀害和威胁。在日本海盗队伍中，许多明朝人受到胁迫。他们强迫他们反抗，而不是强迫他们杀死这样的人。相反，他们增强了日本海盗的力量。
五月初四，戚家军赶到上峰岭设伏，手里拿着松枝，远远望去像松树林。第五天，日本海盗出现了，看到松林却没有人，误以为安全，于是列队进发。戚继光了解到日寇行军，一直是精兵放在首尾两端，中间是弱兵，所以耐心等待日寇队经过一半后，下令进攻。戚家军官兵扔掉树枝，向伏击圈内的日本海盗发动猛烈攻击。日寇措手不及，队伍被分割，并逐一被吃掉，有的开始四散逃命。戚继光令下属在山上立起白旗，并大喊，有威胁的人到白旗下，不问罪！数百人立即跑到白旗下，扔掉武器投降。逃回来的日寇，退路也被戚继军封死，走投无路，只好逃到上界岭。戚继军追赶猛打，许多日寇被杀下悬崖。残存的日寇逃入白洋镇，占据朱家大院顽抗。戚继军追赶不舍，包围大院，用火攻、火器攻击，彻底歼灭残敌。这场战争，戚家军以少胜多，又打了一场歼灭战。战果:5名头目被俘的日本海盗；被斩首344级；另一个烧死的人不能砍头。戚家军，三人阵亡；缴获1490件兵器，救出1000多人被绑架。
此后来犯的日寇，只剩下一部逃离宁海之战的。他们带着大量被掠夺的明朝人到温岭东南登陆，结寨屯兵筑垒。被绑架的中国人，男人都剃光头发，赤脚，当苦力，大部分都被折磨致死；女人被虐待。五月二十日，戚继光指挥水陆军并进，凌晨突然发动进攻，杀声震天。日寇乱作一团，匆匆抵抗了一会儿，纷纷向海上逃跑，以图上船；不希望戚继光已命水师封锁海面，焚烧日寇船。许多日本海盗被迫跳海游泳。结果，他们遇到了大风大浪，所有跳海的人都埋在鱼肚里。顽固的敌人在海滩上逐渐被挤压，最终被歼灭。有300多名日本海盗乘船在外面掠夺10艘船，听说老巢被带走了，想乘船逃跑。结果戚继光训练的水师又拦截了他，俘虏了中国人多年血债累累的敌酋健如郎、五郎如郎；其余的都被歼灭了。
这场战争的结果：日本海盗被杀，溺死海上的人没有计算；它建立的陆地小根据地被拿走了。戚家军解救了12000多人被绑架；缴获3240多件武器和11艘日本船只。上述战斗，合为战役，历史上被称为“台州大捷”。戚家军成立以来，刚上战场，面对日本海盗的大规模多路入侵，在浙江发动了一系列歼灭战。日本海盗在中国东南挥舞屠刀，一度猖獗；这一次，戚家军诞生了，生来就给不可战胜的日本海盗一把“断刀”；让日寇“只强不返，贼部枭雄悉绝”；戚继光害怕日本海盗，称戚继光为“虎”，见戚家军胆寒，患有“恐戚症”。但戚家军的伤亡率远低于敌人。连胡宗宪都高兴地说，这场战斗真是“快乐”！
几年前，戚继光大力建议训练新兵，对日本海盗进行歼灭战时，有人无耻地嘲笑他，甚至说：“我从未听说过日本可杀手。现在戚继光用事实，给了那些尸位素食者一张响亮的大嘴。台州大胜后，总督胡宗宪向朝廷奏疏:“嘉靖40年4月和5月，日本小偷分犯了台州的水陆，台金燕参加了戚某，俘获了1426名日本首领，烧毁了4000多名死者；经过多次战斗，他赢得了三个冠军。秉公而士心咸服，令行禁止，军容整齐。执锐披坚，见贼则轻身先进；绝甘痛苦，遇士则推腹不疑，随标旗所指，即捷报之连闻。台民共倚长城，东浙实资保障。功当首论，破格优录，以风诸将也。34岁时，戚继光遂被破格提拔为全部指挥。