圣克鲁斯于1588年2月9日在里斯本猝死，持续了62年。圣克鲁斯是勒班陀海战的英雄，从葡萄牙人手中夺回大西洋冲向亚速尔群岛的特塞拉海战的胜利者，以及著名的无敌舰队总司令。西班牙国民对他的坏消息感到惊讶，并表示深深的哀悼和哀叹。圣克鲁斯死后，腓力二世立即任命安达卢西亚地方总督，比圣克鲁斯年轻24岁、38岁的西多尼亚接任无敌舰队总司令。西多尼亚出身名门贵族，是一位德高望重的优秀行政长官，多次出色地完成了为无敌舰队补充物资和征兵的任务。
西多尼亚长途跋涉来到里斯本。他所面临的俄罗斯现实是令人难以置信和惊人的混乱。自圣克鲁斯暴卒以来，里斯本港舰队的管理完全处于无政府状态，缺乏权威、自信和能够解决这种混乱的领导者。因此，扭转这种混乱，使准备工作步入正轨，是西多尼亚必须解决的紧急问题。然后他用了几个私人工作人员。其中一名是卡斯蒂利亚加里昂舰队司令迪戈，他护送东印度航线·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯，潮汐和海流方面的专家，曾经参与过加里昂船的设计，是一个非常有才华的人物。此外，迪戈还被任命为船员，经验丰富，德高望重。·德·马尔多纳多和马罗林·德胡安两人是参谋。从重炮兵指挥官中借用意大利炮术专家担任炮术参谋。西多尼亚和三个可靠的助手一起克服了许多困难，使舰队的起航准备工作顺利进行。
过去，以地中海为舞台的西班牙舰队主要是加里船之间的肉搏战。因此，西班牙舰队的舰载大炮比英格兰舰队要落后得多。为此，圣克鲁斯写信给国王，强调准备大炮的必要性。此外，军事会议还要求国王筹集大炮资金。最后，这一要求得到了腓力二世的批准。
铸造大炮在当时是一项非常困难和复杂的技术，大多数优秀的铸造工匠都在英格兰。与此同时，大炮的价格也很高，尤其是作为炮身材料比铸铁好得多的青铜，更有价值，能制造长炮身的卡巴林炮的设备也很少。因此，尽管由于西多尼亚的努力，无敌舰队舰载大炮的质量和数量都得到了极大的加强和提高，但远程大炮的缺乏仍然是无敌舰队最大的弱点。为了加强主力舰加里昂船的备用炮，我们不得不采取权宜之计，在其他舰船上牺牲备用炮。
另一方面，加入舰队的各种舰船数量也显著增加。到1588年4月底，已有130艘船只被纳入无敌舰队。
到达里斯本的船只正忙于维修和维护。几乎所有无敌舰队的乘员都装备了盔甲、长矛和火枪。炮弹的补充也相对顺利。每个炮弹配备50枚炮弹。当然，这个数字并不多，但它已经大大超过了圣克鲁斯最初要求的30枚炮弹。同时，根据意大利炮术专家的建议，它是原来的两倍半。
西多尼亚成功地说服了腓力二世推迟出发日期，以加强和维护舰队 因此，时间越来越受到舰队内部的信任。然而，无论他多么努力，他仍然无法解决食物和船员短缺非常严重的问题。这个问题没有得到改善，而且越来越糟。虽然存在各种缺陷和困难，但我们不能忽视腓力二世反复发布的起航令。
1588年4月25日，西多尼亚陪同腓力二世代理总督来到里斯本大教堂。大主教宣读了祈祷文，祈祷无敌舰队一举成功。